大リーグボールを破られた飛雄馬は失意のどん底にいた。
しかし、子どもの遊ぶボールの動きから、新たな魔球のヒントをつかむ。
あえて二軍落ちを選んだ飛雄馬は伴と特訓にはげみ、ついに奇跡の消える新魔球「大リーグボール二号」を完成させた！ 見事カムバックした飛雄馬の「大リーグボール二号」は各球団の打者をまったくよせつけず、巨人を優勝へと導いた。
「消える魔球」でカムバックした飛雄馬は、巨人軍５連覇の立役者となった。
飛雄馬のライバルたちは、魔球の秘密解明に必死になっていた。
一方、中日コーチ・一徹はオズマの抜けたあと、戦力の補強のため伴の獲得を球団に申し入れるが、巨人は魔球の秘密を知る伴を手放さなかった。
トレード話が消え、喜ぶ伴だったが、飛雄馬は魔球の秘密にすがる伴を徹底的にしごく。
魔球打倒に燃える飛雄馬のライバルたちはついにその謎を解きあかし、来たるシーズンにのぞむ。
一方、中日の一徹は伴の打力に目をつけ、巨人軍に再度トレードを申し入れる。
消える魔球の正体が明かされたことで、ついに伴は中日に移籍。
伴は一徹に策を授けられ、シーズン開幕の巨人中日の第一戦をむかえる。
伴は親友・飛雄馬の敵として対決することになった！ついに迎えた飛雄馬対伴の一戦。
飛雄馬は伴にかろうじて投げ勝った。
しかし、続く阪神戦、飛雄馬の消える魔球「大リーグボール二号」は花形の奇策の前に完敗した。
父だけでなく、親友さえも敵となり、魔球をも失った飛雄馬は夜の街をさまよう。
東京で、不良少女たちにからまれている左門を見かけた飛雄馬は、仲裁に入ろうとする。
左門は不良少女の京子に恋をしてしまう。
飛雄馬は突然下手投げに転向した。
誰もが打てそうなその球を、強打者たちはまともに当てることができない。
「大リーグボール三号」が完成していたのだ！ 連戦連勝。
栄光に輝く「巨人の星」となった飛雄馬だが、その表情はなぜか暗い。
対中日最終戦。
かつての親友・伴が、完全試合達成目前の飛雄馬の前に立ちはだかる。
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